Pelaksanaan sistem pembelajaran PBL (Problem Based Learning) di Indonesia merupakan keputusan pertemuan konvensi AIPKI (Asosiasi Institusi Pendidikan Kedokteran Indonesia) tahun 2003 di Jakarta yang menetapkan bahwa seluruh Fakultas Kedokteran di Indonesia akan menerapkan sistem pembelajaran PBL secara bertahap (paling lambat tahun 2006), sesuai dengan kemampuan dan fasilitas yang ada di setiap Fakultas Kedokteran. Pelaksanaan PBL berkaitan dengan Paradigma Baru Pendidikan Dokter di Indonesia yang bertujuan menghasilkan dokter yang mampu memberikan pelayanan kesehatan primer (primary health care) yang berorientasi pada dokter keluarga.
Berdasarkan hal tersebut diatas, maka Senat FK-UNAND telah memutuskan untuk melaksanakan proses pembelajaran dengan sistem PBL pada Tahun Akademi 2004 – 2005 dalam bentuk full PBL. Melalui pendanaan proyek HWFS Bank Dunia untuk membangun infrastruktur pendukung, FK-UNAND telah diproyeksikan oleh DIKTI untuk menjadi Regional Center of Excellence for Problem Based-Learning.
Fakultas Kedokteran Unand menerapkan metode Problem Based Learning sepenuhnya dengan skema sebagai berikut:
